《幻世九歌》的背景故事围绕人与战灵共生的幻世大陆展开，核心是御灵师携手伙伴阻止魅灵一族释放混沌、守护世界的冒险，其中还穿插着多个角色的身世故事与羁绊，具体情节如下：
- 大陆格局与危机降临
幻世大陆长期维持着人与战灵共生的和平局面，应龙、麒麟、精卫等源自《山海经》的山海战灵与大陆上的族群和谐共处。而维系这份和平的关键，是封印着拥有毁灭力量的 “混沌” 的 “七曜神石”，它如同大陆的和平屏障。但邪恶的魅灵一族为谋求称霸大陆的私利，将目标锁定在七曜神石上，企图盗走神石打破封印，释放混沌之力搅乱整个幻世大陆，青丘一族首当其冲遭遇覆灭危机，大陆的平静就此被彻底打破。
- 关键转折与核心人物登场
上古九尾天狐一族的后裔苏璃，为阻挠魅灵一族的阴谋，潜入封印之地 “神之遗迹” 盗走了七曜神石。这一行为虽暂时打乱了魅灵的计划，却也让她成为魅灵一族追杀的目标，不得不踏上漫漫逃亡之路。与此同时，青丘国的落难公主陆清灵，因父亲遭龙昭国师陷害身亡，被亲信秘密送至云之遥托付给老村长，她天真开朗的性格背后藏着心酸的身世；而现任龙昭镇镇守府统领楚羽，肩负着维护大陆安危的重任，沉稳内敛且重情重义，在后续的危机中也成为重要的助力。
- 御灵师的使命与冒险开启
玩家将以被神谕选中的 “御灵师” 身份登场，在冒险途中邂逅正被追杀的苏璃，并在她与陆清灵的指引下，和七曜神石签订契约，唤醒了 SS 级成长型战灵应龙。自此，玩家被迫卷入这场救世风波，不仅要保护苏璃和七曜神石不被魅灵夺走，还需结识更多冒险伙伴。
- 冒险中的波折与最终守护
冒险路上状况百出，苏璃时常因贪玩或冲动惹出麻烦，比如摘秘境灵果惊动守护妖兽、调侃魅灵首领引发追杀等，让玩家屡屡陷入险境。此外，玩家还发现龙昭国师早已暗中与魅灵勾结，成为阻碍救世的内奸。不过玩家并非孤身作战，既能与应龙、九尾狐等诸多山海战灵缔结契约，让它们随行助战，这些战灵在关键战役中会凭借各自能力发挥重要作用；还能与楚羽等正义之士并肩，共同对抗魅灵及其党羽。最终，玩家与伙伴们携手将七曜神石重新嵌入封印核心，击败了魅灵一族，成功守护了幻世大陆的和平。
